ساموراي يجيب على طلب إحدى القرى بالحماية بعد أن يقع في أوقات عصيبة. تحتاج البلدة للحماية من قطاع الطرق ، لذلك يجمع الساموراي ستة آخرين لمساعدته في تعليم الناس كيفية الدفاع عن أنفسهم ، ويقدم القرويون الطعام للجنود. تحدث معركة ضخمة عندما هاجم 40 قطاع طرق القرية.
يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.
تعود العروس (أوما ثورمان) لتستكمل رحلة انتقامها ضد رئيسها السابق (بيل)، وعصابته الذين حرموها من رضيعها. ترغب العروس في قتل كل أعضاء الفريق القاتل، والتي كانت يومًا ما واحدة من أعضائه، بالإضافة إلى بيل (ديفيد كارادين) الذي كان يومًا حبيبها.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.