Mrs. Brisby er en mus, der vil gøre alt for at redde sin familie fra bonden Fitzgibbons plov. Undervejs får hun hjælp af en kærlighedssyg krage, en nysgerrig nabomus og den frygtsomme ugle. Desværre har hun brug for et mirakel for at flytte sit hjem, og for at gøre det må hun mødes med en mystisk rotte, kæmpe med en vild kat, og få fat i en magisk amulet. Da hun opdager NIMHs enestående hemmelighed, kan det forandre hendes liv for evigt.
En ny spændende film med Fievel og de andre figurer fra filmsuccesen An American Tail. Hvem eller hvad er det mystiske monster, som skræmmer livet af alle mus på Manhattan? Følg med Fievel Mousekewitz, når han sammen med stjernereporteren Nellie Brie fra ”The Daily Nibbler”, Tanya, Tony og katten Tiger prøver at løse mysteriet om det frygtindgydende monster. En opgave, der ikke bliver nemmere, da resten af familien Mousekewitz bortføres og holdes til fange i kloakkerne. Tony får pludselig et tip, som kan føre dem til Manhattan-monsterets gemmested. Adressen viser sig at være et stort gammelt forladt hus. Kan det være en fælde?