Sekali lagi Bourne dibawa keluar dari persembunyiannya secara tidak sengaja oleh wartawan bernama Simon Ross untuk mengungkap Operasi Blackbriar, kelanjutan dari proyek Treadstone dalam serangkaian kolom surat kabar. Informasi dari wartawan mengungkapkan sebuah ingatan, dan Bourne akhirnya mengungkap masa lalu yang gelap sementara menghindari upaya terbaik Perusahaan untuk menyingkirkannya.

Saat seorang penembak jitu Rusia berhadapan dengan seorang penembak jitu elite Jerman dalam PDII, ia mendapati dirinya dan temannya jatuh cinta kepada wanita yang sama.

Dipaksa keluar dari persembunyian oleh seorang pembunuh, Jason Bourne terdesak masuk ke aliansi rahasia, jebakan, dan aksi saling tembak dalam sekuel memikat ini.