第25話「Air」 全ての使徒を倒したNERVに対し、サードインパクト発動を目論むゼーレが戦略自衛隊を使った武力占拠を開始する。施設が次々と破壊・占拠されていく中、シンジは戦自隊員に発見され殺されそうになるが、生きる意思を失くしていたシンジは抵抗すらしなかった。それをミサトが寸前で救出するが、移動中に銃撃に遭って負傷し、シンジにEVAで戦うよう言い残して命を落とす。 第26話 「まごころを、君に」シンジを乗せたEVA初号機を依代としてサードインパクトが始まる。これによって人類は個体の生命体としての姿を保てなくなり液化して崩れていき、その魂は「黒き月」に集められる。初号機はレイやカヲルの姿をとる巨人（第2使徒リリス）に取り込まれ、シンジはレイとカヲルに再会する。そこでシンジは人類が単体の生命となることを望まず、それぞれの個人がいる従来の世界を望みリリスは首から血を噴き出しながら倒れ崩れ落ちていく。

汎用ヒト型決戦兵器エヴァンゲリオンに乗ることで、自ら戦うことを選んだ碇シンジ。大きな運命を託された14歳の少年の物語は、ここから未知の領域へ突入する。また、綾波レイと人気を二分するヒロイン、アスカがエヴァンゲリオン2号機に乗って参戦。加えて魅惑の新ヒロインが登場する。そして、謎の生命体“使徒”とEVAシリーズの戦いは新エヴァンゲリオンの参加で、さらに激しくエスカレートしていく。

街中で裸足の男が怪しげなことを口走っている。自分は空間転移装置の事故で異星から飛ばされてきた者だと言うのだ。偶然、この男に話しかけたウラジミールとゲデバンは、同じく男が手にしていた転移装置で、キン・ザ・ザ星雲の惑星ブリュクに飛ばされてしまう。果たして、二人は、この砂漠だけの惑星から無事に地球へ帰りつくことができるのか？

歴史の連続性が途絶えるほどの未来、世界はその姿を大きく変えていた。 それはどこまでも続く巨大な廃墟の世界。 海や大地は姿を消し、過去の風景は廃墟から発掘される『記録』の中にのみ存在していた。 記録を発掘 ・復元し、そこから過去の世界を分析する。 これらの作業を一手に引き受ける施設『記録発掘局』。 この世界で92番目に設立された発掘局に、ウラはいた。彼はあらゆる記録に、過去の世界に埋没していた。 彼を遠くから見守る距離に、いつもリコがいた。彼女は記録に背を向けていた。 この世界のあらゆる人間は知っていた。 過去を知ることは、この現実の不幸を知ることだと。 ある時ウラは、奇妙な映像記録を復元する。