無人惑星セティ・アルファ・Ｖに、残虐非道なカーンが幽閉されていた。カーンはある理由から、ＵＳＳエンタープライズ号のカーク船長を恨み続けていた。そんな時、この星にＵＳＳリライアント号の乗組員ふたりがやってきた。彼らを捕らえたカーンは、カークの恋人だったキャロルが無から生命を生み出すという“ジェネシス計画”を立てていることを知り、この計画の乗っ取りとカークの抹殺をもくろむ。

西暦2054年、ワシントンDC。政府は度重なる凶悪犯罪を防ぐ策として、ある画期的な方法を採用し、大きな成果をあげていた。それは、“プリコグ”と呼ばれる3人の予知能力者によって未来に起こる犯罪を事前に察知し、事件が実際に起きる前に犯人となる人物を捕まえてしまうというもの。ジョン・アンダートンはその犯罪予防局のチーフとして活躍していた。しかし、ある日、ジョンは自分が36時間以内に見ず知らずの他人を殺害すると予知されたことを知る。一転して追われる立場になったジョンは、自らの容疑を晴らそうと奔走する。

23世紀。クリンゴン人のある資源衛星が事故により爆発し、同衛星では大気汚染が進み、あと何十年かで同惑星が壊滅する事実が判明する。惑星連邦は講和を申し入れてきたクリンゴン帝国の宰相ゴルコンに対し、カーク船長率いる宇宙船USSエンタープライズの護衛をつけるが、カークの部下スポックが講和を望む一方、かつて自分の息子をあるクリンゴン人に殺された過去があるカークは、講和という事態を受け入れるのに躊躇していた。

チャーリーが率いる犯罪のプロチームは、たくさんの金塊を盗み出すのに成功。だがその直後、仲間のスティーヴが裏切り、金塊を独り占めした上、チャーリーが父のように慕う金庫破りの達人ジョンの命までも奪ってしまう。1年後。チャーリーたちはスティーヴから金塊を取り戻すため、小回りの利くミニ・クーパーを使った大胆な作戦を計画。ジョンの娘ステラを新たな仲間に加え、手始めに美貌を持つステラをスティーヴに接近させる。

完ぺきな仕事ぶりから“メカニック”と呼ばれる殺し屋のアーサー・ビショップに、友人であり恩人の暗殺命令が下る。とまどいつつも任務を遂行したアーサーは、自分が殺した標的の息子スティーブと知り合う。やがてアーサーはスティーブを助手に迎え、殺しのテクニックをたたき込んでいく。

1979年公開のショッキングホラーの元祖から40年後を描いた、正統派続編『ハロウィン』の第3作にして完結編。主人公ローリーが殺人鬼ブギーマンことマイケルと、40年にわたる因縁に決着をつけようとする。