日本の貨物船がロリシカ国の水爆実験場があるインファント島の近くで沈没した事故を取材するため、新聞記者の福田とカメラマンのミチは島へ。そこで福田たちは先住民たちを調査する中条と知り合う。ジャングルで一行は、小美人という身長約30cmの双子の妖精と出会うが、日ロ合同調査隊のロリシカ人ネルソンは後日、島を再訪し、小美人を捕らえて見世物にする。やがて島の守護神である怪獣モスラの幼虫が日本近海に現われ……。

セルジオ島にイカの怪物ゲゾラが出現した。カメラマンの工藤は、アジア開発の宣伝部員アヤ子と生物学者の宮、自称風俗研究家の小畑と共に島に向かう。宮と工藤が調査のため海中に潜った時、突然周囲が青光り、海底が吹き上がるとゲゾラがおそってきた。アヤ子からゲゾラがかがり火に慌てたことを聞いた二人は、島民と協力しゲゾラをガソリンで撃退した。しかし、その他以内から這い出たアメーバ状の物体が、カニの化け物ガニメとなって再び工藤たちに襲い掛かった。さらに新たに巨大ガメ・ガメーバも現れた。南海を舞台に、大怪獣の決戦が始まった！

今から遠くない未来の話。フリーのコンピューターエンジニアのマイケル・ジェニングスは、プロジェクトを完成させる度に、機密保持のためそのプロジェクト期間の記憶を消されていた。そんなある日、大企業のオールコム社から100億円もの大金を報酬に提示される。その代償は3年間分の記憶。しかし、記憶を消した後のマイケルが手にしたものは、19個のガラクタが入った紙袋だけだった。さらにマイケルは、FBIやオールコム社のエージェントに追われ始める。

カリフォルニアの交通警察官エドワード・メイラスは、勤務中に遭遇した身元不明の親娘が犠牲となる交通事故の後遺症によって、幻覚と不眠に悩ませられていた。休職中の彼の元にかつて姿を消した婚約者･ウィローから手紙が届く。「娘のローワンが行方不明になったので探し出して欲しい。頼れるのはあなただけ」。「なぜ、今になって?」エドワードは釈然としないまま、親娘の暮らすワシントン州の孤島サマーアイル島に向かった。そこは携帯電話も通じない社会から隔絶された土地だった。女性が支配的な地位を占め、奇妙な風習が目につく不思議な島。ローワンの手がかりを探すエドワードだったが島民たちは巧みにはぐらかす。一人捜査を続けるエドワードはローワンが存在するという確かな証拠を掴んだ。そんな彼にウィローはローワンが二人の娘であることを告げた。「古いしきたりに則り、娘が生贄にされようとしている」そう確信したエドワードはローワンの救出を試みるのだが、島の支配者シスター・サマーズアイルの仕掛けた巧妙な罠に嵌ってゆく･･･。