Dipimpin oleh Woody, mainan Andy hidup bahagia di kamarnya hingga ulang tahun Andy membawa Buzz Lightyear ke dunia hiburan. Karena takut kehilangan tempatnya di hati Andy, Woody berkomplot melawan Buzz. Namun, ketika keadaan memisahkan Buzz dan Woody dari pemiliknya, keduanya akhirnya belajar untuk mengesampingkan perbedaan mereka.

Saat berlibur bersama temannya di Paris, seorang gadis Amerika diculik oleh sekelompok pedagang manusia yang bermaksud menjualnya ke prostitusi paksa. Bekerja melawan waktu, ayah mantan mata-matanya harus berusaha sekuat tenaga untuk menyelamatkannya. Namun dengan tahun-tahun terbaiknya yang mungkin telah berlalu, pekerjaan itu mungkin lebih dari yang bisa dia tangani.

Kota manusia Zion mempertahankan diri dari invasi besar-besaran mesin saat Neo berjuang untuk mengakhiri perang di front lain sekaligus melawan Agen Smith.

Saat kota dikarantina, Alice mengetahui bahwa orang-orang yang meninggal akibat insiden sebelumnya di Umbrella Corporation telah berubah menjadi zombie. Dia kemudian bergabung dengan sekelompok kecil tentara elit, yang ditugaskan untuk menyelamatkan putri pencipta T-virus yang bermutasi yang hilang. Ketika terjadi kekurangan keberuntungan dan sumber daya, mereka mulai melakukan pertempuran seru untuk bertahan hidup dan melarikan diri sebelum Umbrella Corporation menghapus eksperimennya dari muka bumi.