胡桃(阿部菜々実)、由紀(長月翠)、悠里(間島和奏)は、学校で共同生活を送っていた。しかし、この学校の教室の机や椅子は無残に倒され、床には割れたガラスの破片が散乱しており、さらに彼女たちは痛みを感じない“かれら”の脅威から身を守りながら暮らしていた。ある日、胡桃と悠里が美紀(清原梨央)を発見する。

古びたアパートに住み、妻も恋人もいない中年のファミレス店員、秀雄。彼が毎日ほっとするのは帰宅後、ラブドールである“空気人形”と接するひと時だ。ある朝、空気人形は突然心を持ち、秀雄が仕事に出掛けてから、メイド服を着て外出。アパートの外の世界に今まで無かった解放感を覚える。やがて空気人形はレンタルビデオ店でバイトするようになり、店員の純一に一目惚れ。だがラブドールと人間は異なり、恋の成就は難しかった。

西暦二二〇五年、歴史の改変を目論む歴史修正主義者によって、過去への攻撃が始まった。時の政府により歴史の守護役を命じられた審神者さにわは、かつての刀剣を目覚めさせた。歴史修正主義者が送り込む、時間遡行軍と戦うために。人の形をとったそれらを、“刀剣男士”という。天正十年六月二日　京・本能寺。明智光秀が織田信長を襲撃した“本能寺の変”に、歴史改変の魔の手が迫っていた。燃える寺から信長を逃がし歴史を変える、そんな時間遡行軍の計画は、刀剣男士たちの活躍により打ち砕かれた。ところが、無事任務を終えて帰還した彼らに届いた「織田信長生存」の一報。本来の歴史に戻すため、刀剣男士たちは織田信長暗殺を目的に再び過去へと出陣するのだった。どうやって信長は生き延びていたのか、怪しい動きをする影、そして立て続けに歴史介入をしてくる時間遡行軍。彼らの本当の狙いに気付いた三日月宗近は… 正しい歴史とは何か。“守るべきもの”を守る戦いが、今始まる！

小学校教師の結衣は、年度途中で突然3年生の学級担任を任されることになった。前任者がどうしたのか口を濁す学校側の態度に疑問を抱きながらも、結衣は初の担任に意欲を燃やす。そんな矢先、彼女はクラスに佐伯俊雄という不登校児童がいることを知り、あるとき彼の自宅を訪問する。だがその日以来、なぜか彼女の身に不可解な現象が起こり始める。その家は、足を踏み入れた者すべてが奇怪な死を遂げるという呪われた家だったのだ。

真利子（中越典子）の妹は、海が見渡せる高級マンションに引っ越してすぐにベランダから身投げをする。妹の突然の死を不信に思った彼女は、荷物の整理かたがた1303号室を訪れる。何か手がかりはないかと1302号室のドアをノックすると、その部屋に住む少女は、隣の部屋の女の人はみんな死んでしまうのだと不吉なことを言い始め……。