Un virus capaç d'esborrar totes les dades dels ordinadors només de passar-hi pel costat, i de controlar i manipular tota mena d'aparells elèctrics, ha enviat l'Scooby-Doo, en Shaggy i companyia a dins d'un videojoc on ells mateixos en són els personatges. Al ciberespai, a més d'enfrontar-se a un munt de rivals virtuals, també s'hi trobaran els seus enemics de sempre! La nostra civilització depèn tant de la tecnologia, que el Virus Fantasma és una amenaça per al món sencer! Per aturar-lo hauran de superar 10 nivells cada cop més esgarrifosos! I és que això de resoldre misteris al ciberespai és més terrorífic que mai!

És l'any 2027 i la ciutat de Kyoto ha experimentat un immens avanç tecnològic. Allà hi viu en Naomi Katagaki, un tímid i indecís estudiant de secundària amant dels llibres. Un bon dia, a en Naomi se li apareix al davant un home que tan sols pot veure ell i que assegura que és el seu jo de deu anys en el futur. D'acord amb el Naomi del futur, d'aquí a tres mesos començarà a sortir amb la seva companya Ruri Ichigyo, però morirà en un tràgic accident. Així doncs, li demana que l'ajudi a salvar-la i d'allà en neix una curiosa camaraderia entre el Naomi del present i el del futur. De mica en mica, el Naomi del present anirà descobrint el fatal destí de la Ruri, el veritable propòsit del Naomi del futur i el gran secret ocult d'aquest món.

En Ralph s’endinsa en el món inexplorat i emocionant d’Internet. Veurem si sobreviu a través de la xarxa en la recerca d’una peça de recanvi que salvi Sugar Rush.