ゲームオーバーは現実の死に直結する。 全ての原点であるデスゲーム『ソードアート・オンライン』が、 劇場のスクリーンで新たに幕を開ける。 『ソードアート・オンライン プログレッシブ』は、《SAO》物語のすべての始まり、 アインクラッド第一層からの軌跡を、深く掘り下げながら詳細に描く作者自身によるリブート・シリーズ。

京都に暮らす内気な男子高校生・直実の前に、10年後の未来から来た自分を名乗る青年・ナオミが突然現れる。ナオミによれば、同級生の瑠璃は直実と結ばれるが、その後事故によって命を落としてしまうと言う。「頼む、力を貸してくれ。」彼女を救う為、大人になった自分自身を「先生」と呼ぶ、奇妙なバディが誕生する。しかしその中で直実は、瑠璃に迫る運命、ナオミの真の目的、そしてこの現実世界に隠された大いなる秘密を知ることになる。

アーケードゲームの世界に住む優しい悪役のラルフと親友の天才レーサー・ヴァネロペは、レースゲーム「シュガー・ラッシュ」が故障し廃棄処分の危機にあることを知り、部品を調達するためインターネットの世界に飛び込む。見るもの全てが新鮮で刺激的な世界に夢中になるヴァネロペと、早くもとの世界に帰りたいラルフは少しずつすれ違っていく。

少年リュカは父パパスと旅を続けていた。 その目的は、ゲマ率いる魔物たちに連れ去られた母を取り戻すこと。 旅の道中、遂にゲマと遭遇し、魔物たちと激しい戦いを繰り広げるパパス。 しかし一瞬のスキをつかれ、リュカが人質にとられてしまい、手出しができなくなったパパスは、リュカの目の前で無念の死を遂げる―― それから10年。故郷に戻ったリュカは「天空のつるぎと勇者を探し出せば、母を救うことができる」というパパスの日記を発見する。 父の遺志を受け継ぎ、リュカは再び冒険の旅にでることに。 立ちはだかるいくつもの試練、そしてビアンカとフローラ、２人の女性をめぐる究極の選択。 果たして冒険の先に待ち受けるものとは！？