Mayaernes magt er på sit højeste, men fundamentet er ved at smuldre mens adel og præster kræver stadig flere templer og menneskeofringer til guderne. Unge Jaguar Paw bliver udvalgt til at lade livet for at sikre fortsat fremgang. Men Jaguar har bestemt ikke tænkt sig frivilligt at affinde sig med sin skæbne og tager kampen op mod det undertrykkende og barbariske regime.

Selvom der ikke er meget der tyder på det, er dagdrømmeren og nattevagten Larry, der arbejder på Naturhistorisk Museum, overbevist om, at han går en stor og dramatisk fremtid i møde. Og minsandten om han ikke får ret, da dinosaurer, gladiatorer, cowboys og mange flere på forunderlig vis bliver vakt til live en nat og begynder at udkæmpe drabelige kampe. For nogen skal jo dæmpe gemytterne og redde museet.

USA 1957. Arkæologiprofessoren Indiana Jones underviser stadig på universitet og finder skatte i sin fritid. Derfor er han klar til at tage på ekspedition til Amazonas, da den unge Mutt Williams fortæller, at han ved, hvor Akators legendariske og magiske krystalkranie befinder sig. Men "Indy" er ikke alene i junglen - her er også en flok sovjetiske agenter, der tror, at krystalkraniet kan hjælpe Sovjetunionen med at erobre verdensherredømmet. De vil have fat i kraniet for enhver pris!