Sonatine speelt zich af in de wereld van Yakuza, de Japanse onderwereld. Hier heeft Murakawa de reputatie een van de hardste en gewelddadigste gangsters van Tokio te zijn. Hij wil gepast afscheid nemen met een laatste eervolle opdracht.

Minami, een jonge Yakuza, heeft veel respect voor de oudere Ozaki, die ooit zijn leven redde. Hun baas echter, draagt Minami op Ozaki te vermoorden aangezien hij zijn verstand aan het verliezen is. Minami raakt verward van de situatie maar neemt Ozaki mee naar het Yakuza-gebied in Nagoya waar de moorden worden uitgevoerd. Onderweg ontstaan er echter onverwachte problemen.

In een stadsdeel van Los Angeles, genaamd 'Little Tokyo', zwaait de keiharde Yakuza baas, Funekei Yoshida de scepter. Hij is meedogenloos voor mensen zijn die niet naar hem willen luisteren. Zijn wil is wet. De undercover politiemannen Chris Kenner en Johnny Murata willen een einde maken aan Funekei's schrikbewind. Beide zijn gespecialiseerd in de oosterse vechtkunst, de Japanse taal en gewoontes. Toch blijft het een levensgevaarlijke klus die ze moeten klaren.