Kisah ini mengikuti Carol Danvers saat ia menjadi salah satu pahlawan paling kuat di alam semesta ketika Bumi terperangkap di tengah perang galaksi antara dua ras alien. Bertempat di tahun 1990-an, Kapten Marvel adalah petualangan yang sepenuhnya baru dari periode yang sebelumnya tidak terlihat dalam sejarah Marvel Cinematic Universe.

Ketika agensi Charles Townsend berekspansi ke luar negeri, dua Angel mapan bekerja sama dengan seorang rekrutan baru demi mencegah para musuh menguasai alat revolusioner.

Para pemberontak bersiap untuk bertempur melawan kekuatan jahat Motherworld kala ikatan-ikatan kuat terjalin, pahlawan-pahlawan bangkit, dan legenda-legenda terlahir.