タイとビルマの国境近くにある日本軍の捕虜収容所では捕虜を使って国境に流れるクワイ河に橋を架ける準備が進められていた。英軍大佐はジュネーヴ協定に反するとして所長と対立し、所長は恩赦を条件にしたことで大佐はこれを承諾し建設工事が始まった。だが同時に、収容所から脱走した米海軍少佐の手引きによって連合軍による架橋爆破作戦も開始されようとしていた。

城岩学園3年B組の中学生たちは、修学旅行の名目で孤島へ。彼らの前に現われた担任教師キタノは、新世紀教育改革法、通称“バトル・ロワイアル（BR）法”により、殺し合いをさせると生徒たちに宣言。生還できるのは最後に生き残った1人だけだった。生徒たちはそれぞれ最低限の武器と食料を与えられ、3日間のサバイバルに追いやられる。男子生徒の七原と女子の中川は謎の転校生・川田と、なんとかこの窮地を脱する方法を探る。

カリフォルニア州ミラマー海軍航空基地。そこにF－14トムキャットを操る世界最高のパイロットたちを養成する訓練学校、通称“トップガン”がある。若きパイロットのマーヴェリックもパートナーのグースとともにこのトップガン入りを果たし、自信と野望を膨らませる。日々繰り返される厳しい訓練も、マーヴェリックはグースとの絶妙なコンビネーションで次々と課題をクリアしていく。しかしライバルのアイスマンは、彼の型破りな操縦を無謀と指摘する。その一方で、マーヴェリックは新任の女性教官チャーリーに心奪われていく。

1863年、イギリスの植民地カナダの港に一人の娘が降り立つ。彼女の名はアデル・ユゴー。かのフランスの大文豪ヴィクトル・ユゴーの娘。彼女は父と共に亡命中に出逢い、恋に落ちたイギリス軍中尉ピンソンを追って単身大西洋を越えてきたのだ。しかしやっとの思いで見つけたピンソンの心は、既に冷め切っていたことを知る……。

第二次世界大戦下のギリシャ・ケファロニア島はイタリア軍とドイツ軍によって占領されていた。イタリア軍占領部隊の指揮官・コレリ大尉は、マンドリンを背負った大らかで屈託のない人物だった。島民と占領軍将兵との牧歌的な日々は、やがてイタリアの単独降伏によって一変する。

カルメン＆ジュニは世界の危機を救ったことで、OSS（戦略事務局）の一部門として設立されたスパイキッズに採用され、今日も活躍していた。ある晩、大統領主催のOSSパーティが開かれた。そこにはカルメン＆ジュニたちの他に、ライバル・スパイキッズ、ギグルズ兄妹と彼らの父でグレゴリオと次期OSS局長を争うダナゴンもいた。パーティも佳境に入った頃、大統領が持っていた秘密兵器トランスムッカーが何者かに盗まれてしまう。カルメン＆ジュニはトランスムッカーを追って、奇妙な動物が棲息する謎の島に辿り着き、そこで怪しげな男、ドクター・ロメオに出会うのだった。