Brendan har aldrig været uden for bymuren, og hver dag hjælper han sin onkel med at bygge muren stærkere, så den kan holde vikinger og skovens onde kræfter ude. En dag ankommer troldmanden Adrian til byen, og med sig bringer han en gammel bog fuld af visdom og magi, der kan redde folket fra de onde magter – Hemmelighedernes Bog. Men bogen er ikke skrevet færdig og den unge Brendan må overvinde sin største frygt og begive sig ud i de store skove, som er fulde af magi, hemmeligheder og trusler, for at få fat på krystallen, der skal bruges til at færdiggøre bogen.

Popsensationerne Alvin, Simon og Theodore ender i denne efterfølger med at bo hos Dave Sevilles unge nevø, Toby. "Drengene" må lægge deres stjernestatus på hylden og tage tilbage på skolebænken. For at kunne bevare skolens musikundervisning må de små jordegern vinde den store præmie i en kæmpe musikkonkurrence. Men konkurrencen bliver hård, da de tre jordegern uventet møder deres musikalske modstykke – tre syngende, smukke pige-jordegern, som hedder "The Chipettes" og består af Brittany, Eleanor og Jeanette. Romantik og musikalske gnister bliver tændt, når seks små jordegern pludselig dyster.