Un nadó és abandonat a la porta d'un orfandat. Aquest nadó creix i es converteix en un jove geni inventor, amb problemes per aconseguir ser adoptat.

Conta la història de quatre divertits animals del zoo de Central Park a Nova York (Alex el lleó, Marty la zebra, Glòria l'hipopòtam i Melman la girafa). Porten tota la seva vida tancats en captivitat sense poder experimentar la llibertat i s'han proposat idear un pla per sortir-ne junts. Un dia, una sèrie de casualitats els porten a aconseguir allò que tant anhelaven i fugen d'aquell lloc. Acaben en plena naturalesa, concretament a la idíl·lica illa de Madagascar. Allà descobriran, amb apassionants aventures, que la vida salvatge és molt diferent del que ells pensaven i que viure en llibertat no és tan fàcil com imaginaven.