1939年、ポーランド南部の都市クラクフにドイツ軍が侵攻した。ドイツ人実業家のオスカー・シンドラーは、一旗揚げようとこの街にやって来た。彼は金にものを言わせて巧みに軍の幹部たちに取り入り、ユダヤ人の所有していた工場を払い下げてもらう。ユダヤ人会計士のイツァーク・シュテルンをパートナーに選んだシンドラーは、軍用ホーロー容器の事業を始める。41年3月、ユダヤ人たちは壁に囲まれたゲットー（居住区）に住むことを義務づけられる。シュテルンの活躍で、ゲットーのユダヤ人たちが無償の労働力として、シンドラーの工場に続々と集められ事業はたちまち軌道に乗る。
第二次世界大戦下のロンドン。９歳のジョージは母リタの計らいで、爆撃から逃れるため田舎へと疎開させられる。ジョージはそれに抗って家族の元に戻ろうと決意し、リタが彼を捜す中、故郷を目指して壮大で危険な旅に出る。