冷凍睡眠のまま宇宙を漂流していたリプリーは奇跡的に宇宙船に救出される。地球に戻った彼女は貨物船で起こったエイリアンによる恐ろしい出来事を語る。リプリーが漂流していた間にエイリアンを発見した小惑星は地球の殖民惑星となっていた事を知りエイリアン殲滅を訴える。しかしエイリアンを兵器として利用したい企業に拒まれてしまう。その時小惑星より連絡が途絶えたことからアメリカ海兵隊が住民救出に向かうが同乗したリプリーの話をまともに聞かなかった兵士達だが、凶悪生命体エイリアンを目の当たりにし一気に追い詰められてゆく。

エドワードは、発明家の博士によって生み出された人造人間。だが、完成直前に博士が急死してしまった為、彼は両手がハサミのままこの世に残されてしまう。その後、ゴースト屋敷のような丘の上の家で、顔が傷だらけで孤独な日々を送っていた彼の元にある日、化粧品のセールス・ウーマンのペグが訪ねて来た。心優しい彼女は、そんな彼の姿に同情し、自分の家に連れて帰る。そうして家の中へ通された彼は、写真に写っているペグの娘キムに心奪われ、彼女に恋してしまう。

1950年。第二次世界大戦の終結による満州国の崩壊と国共内戦の終結により、共産主義国である中華人民共和国の一都市となったハルビン駅の構内。5年間にわたるソビエト連邦での抑留を解かれ、中華人民共和国に送還された「戦犯」達がごった返す中で、列から外れた1人の男が洗面所で自殺を試みる。男は監視人の手により一命を取り留めるものの、薄れ行く意識の中で幼い日々の頃を思い出していた。この男こそ清朝最後の皇帝にして満州国の皇帝、「ラスト・エンペラー」と呼ばれた愛新覚羅溥儀その人であった。

宇宙世紀0079、一年戦争の末期、地球連邦軍とジオン公国軍の戦いで、ジオン軍の攻撃を受けたサイド4のムーアが壊滅した。生き残ったムーアの市民で構成された地球連邦軍所属のムーア同胞団が、故郷サンダーボルト宙域の奪還を決意する一方で、ジオン軍はそれに対抗してリビング・デッド師団を展開する。ムーア同胞団のエースパイロットのイオ・フレミングと、リビング・デッド師団のエーススナイパーであるダリル・ローレンツは宿命の戦いに挑む。

無人惑星セティ・アルファ・Ｖに、残虐非道なカーンが幽閉されていた。カーンはある理由から、ＵＳＳエンタープライズ号のカーク船長を恨み続けていた。そんな時、この星にＵＳＳリライアント号の乗組員ふたりがやってきた。彼らを捕らえたカーンは、カークの恋人だったキャロルが無から生命を生み出すという“ジェネシス計画”を立てていることを知り、この計画の乗っ取りとカークの抹殺をもくろむ。

19世紀の半ば、スコットランドからニュージーランドへ写真結婚で嫁ぐエイダ。旅のお供は娘のフロラと一台のピアノ。エイダは6歳の時から口がきけず、ピアノが彼女の言葉だった。夫のスチュアートはそのピアノを重すぎると浜辺に置き去りにし、原住民に同化している男ベインズの土地と交換してしまう。ベインズはエイダに“ピアノ・レッスン”をしてくれればピアノを返すというが……。

地球温暖化が進んで一部の海に近い土地が沈み、妊娠・出産に厳しい許可制度がしかれ、人間の代わりに多くの資源を必要としないロボットが活躍する未来。その時代に人間と同じ愛情を持つ少年型ロボットとして開発されたデイビッドは、彼を製作したロボット製造会社の社員、ヘンリーとその妻モニカの元へ試験的に送られる。夫妻には不治の病を持つ息子のマーティンが居たが、現在は冷凍保存で眠っていて目覚める保証はなく、実質的に子供がいないのと同じだった。

USSエンタープライズのカーク船長に恨みを持つカーンのせいで、カークの仲間スポックは命を落とし、遺体はジェネシス装置によって生まれ変わった惑星ジェネシスに葬られた。実はスポックは死の間際、自己の魂（カトラ）を仲間のマッコイの脳に移していた。それに気付いたカークはマッコイらとジェネシスに向かう。惑星には先にカークの息子デビッドのチームが到着するが、地球を含む惑星連邦と敵対するクリンゴン人に襲われる。

固く結ばれた絆(きずな)、立ち上がる反乱者たち、そして生まれる数々の伝説。マザーワールドに反旗を翻したレベルズに決戦の時が迫る。

宇宙の中立地帯に浮かび、恒久平和が実現したはずの惑星ニンバス3で反乱が発生し、休暇中だったカークら乗組員たちは、USSエンタープライズでニンバス3へ急行する。反乱を率いるのはカリスマ的なバルカン人サイボックだが、彼はカークの部下スポックの異母兄弟だった。ニンバス3で反乱軍に負けたカークたちは敵にUSSエンタープライズの指揮権を奪われ、銀河の中心にある人類未踏の地“グレートバリア”に向かわされる。

ある日、世界中で連続的な怪現象が発生した。日本では駿河湾が凍り付き、エジプトでは突然の吹雪。さらにロサンゼルスでは大停電が起こった。しかし、アメリカ国民はそのニュース以上に「ファンタスティック・フォー（FF）」のビッグなカップル、リードとスーの結婚の話題で盛り上がっていた。世界各地で起こる怪現象に興味をそそられながらも、愛するスーのために平静を装うリード。そんなリードを見かねたジョニーは、ベンと共にリードのバチェラー・パーティーを開いた。独身最後の夜を楽しむリードだったが、そんな彼に米軍のヘイガー将軍から要請が下る。怪現象が起きた場所の上空で観測された謎の閃光を調査してほしいと言うのだ。是が非でも依頼を受けたいリードだったが、その場にスーが居合わせたため、彼女に秘密で調査を進めることになった。