En russisk atomubåd tilintetgøres under mystiske omstændigheder, og Sovjetunionen erklærer straks krig mod USA og dets allierede. Den tredje Verdenskrig står for døren. Besætningen på et japansk rekognosceringsfly opdager, hvem der egentlig står bag forbrydelsen, men ingen tror på dem. Ikke før det er for sent... En fare, langt værre end en verdenskrig, truer atter menneskeheden. For tredive år siden holdt han hele verden som gidsel. Og fra dybet, vækket af et vulkanudbrud, stiger det frygtelige uhyre igen op til overfladen. Godzilla er tilbage - større og stærkere end nogensinde før!
Beth Emhoff rejser hjem fra Hongkong til Minneapolis med en hidtil ukendt og ekstremt smittefarlig virus i kroppen. Efter to dage er både hun og familiens søn død. Også i London, Tokyo og Chicago falder folk som fluer. Pandemien breder sig over kloden som en steppebrand. Mens researchere kæmper for at finde en modgift, bidrager bloggeren Alan til panikken ved at sprede misinformation på internettet.
Uhyret er blevet fanget af videnskabsmænd, der vil gøre alt for at afsløre hans hemmeligheder. Begrænset til et akvarium i fangenskab finder uhyret kun én kilde til sympati - Helen, en smuk kvindelig forsker. Da uhyret i sidste ende flygter fra hans fangenskab, kidnapper han Helen, opsat på at tage hende med til hans undervandshule.
Videnskabsmænd forvandler kirurgisk uhyret til et landvæsen, men at kunne leve på land gøre ham ikke fortrolig med mennesker. Rasende vender han sin vrede mod enhver, der kommer i nærheden, mens han desperat forsøger at vende tilbage til dybvandsverdenen.