人気SFアニメ「マクロス」シリーズの7作目として2016年に放送されたテレビアニメ「マクロスΔ（デルタ）」の劇場版。前作「マクロスF（フロンティア）」から8年後を舞台に、人々を狂暴化させる謎の病「ヴァールシンドローム」を歌の力で鎮める戦術音楽ユニット「ワルキューレ」と、彼女たちを護衛するバルキリー部隊「Δ小隊」の面々が繰り広げる戦いや恋と友情を描いたテレビシリーズのその後を、完全新作で描く。西暦2068年、銀河辺境のウィンダミア王国と新統合政府の間に起こった紛争は、ハヤテやミラージュの所属する「Δ小隊」の活躍、そして戦術音楽ユニット「ワルキューレ」の歌の力により鎮静化した。ワルキューレは故郷のウィンダミアで停戦記念のライブを開催することになるが……。監督・原作はテレビシリーズに続き、「マクロス」シリーズには初期から数多く携わっている河森正治が務める。「マクロスF」の新作短編アニメ「劇場短編マクロスF 時の迷宮」が同時上映。

　宇宙世紀0079年、人類は宇宙ですら戦場に変えてしまった。世界の人口の半数を死に至らしめたブリティッシュ作戦（コロニー落とし）を実行し、突き進むジオン公国軍。それに対し、劣勢を挽回すべく圧倒的な戦力で挑む地球連邦軍。交錯するザビ家の陰謀、変えがたい運命に翻弄されるセイラ・マス、ジオン軍のパイロットとなってしまったランバ・ラルやハモン、サイド７で平穏に暮らすアムロやフラウの日常生活にも暗い影が訪れようとしていた——。 　そして、復讐に駆られたジオン軍のエース、シャア・アズナブルが参加する「ルウム会戦」がついに始まる。

20XX年、乗客5000人を乗せた豪華宇宙船アヴァロン号が、新たなる居住地を目指して地球を旅立ち、目的地の惑星に到着するまでの120年の間、乗客たちは冬眠装置で眠り続けていた。しかし、エンジニアのジムと作家のオーロラだけが予定よりも90年近く早く目覚めてしまう。絶望的で孤独な状況下で生き残る方法を模索するうちに、2人は惹かれ合っていく。

紀元前227年、中国の戦国時代。弱小国の梁に攻め入った衛の軍は、梁の軍の待ち伏せに会い、両軍全滅してしまう。そんな中、死んだふりをして生き残った梁の兵士がいた。彼は深い傷を負って動けなくなっていた衛の将軍を捕まえることに成功。将軍を捕虜として連れ帰れば、畑と金を褒美としてもらえると考えた兵士は、将軍を連れて梁に帰ろうとする。こうして、捕虜として捕まるぐらいなら名誉の戦死を遂げるほうがましだと考える将軍と、戦争を嫌い故郷での平和な暮らしを望む兵士との奇妙な旅が始まった。

家族を愛する男を苦しめる、エイリアンが地球へ侵攻する悪夢。ある日、謎の地球外生命体が地球上のあらゆる生命に総攻撃を仕掛け、男の悪夢は現実と化してゆく。

天候を意のままにできる宇宙ステーションが開発された近未来、地球は未曾有の自然災害に襲われることがなくなる。ところが運用開始から2年後、宇宙ステーションがウイルス感染して暴走し各地で異常気象を引き起こしてしまう。巨大災害が同時多発的に起きる地球壊滅災害“ジオストーム”の発生を防ぐため、宇宙ステーションの開発者ジェイクと彼の弟マックスが立ち上がる。

2018年、正体不明の異星人たちが地球を侵略。それから9年後の2027年。世界の主要都市は異星人たち＝統治者の支配下に置かれ、シカゴでは、そのかいらいと化したアメリカ政府が強権的な管理社会体制を築き上げていた。20歳の青年ガブリエルは、死んだ父の元同僚、シカゴ警察特捜司令官マリガンの世話を受けながら、ひそかに反体制のレジスタンス活動に従事。やがて彼は兄のラファエルらとともに爆弾テロを計画するが…。

1,000年前に対話が一切できない異生物・奇居子によって太陽系が壊滅して以来、人類の一部は巨大な宇宙船シドニアで繁殖しつつ宇宙をさまよっていた。シドニアの地下で生活してきた少年の谷風長道は、衛人と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、やがて歴史的名機・継衛の操縦士となる。あるとき、再び奇居子が出現し……。