他人の夢に潜入してアイデアを盗み出す企業スパイのコブは国際指名手配犯であるが、それと同時に妻モルを殺した容疑もかけられていた。そんな彼に日本人男性サイトーからある依頼が。それはこれまでのように思考を盗み出すのではなく、標的にした人物の潜在意識に、あるアイデアを移植する“インセプション”という仕事だった。コブはサイトーを含むスペシャリスト6人を集め、標的の男性ロバートの夢に潜入しようとする。

1996年のオリンピックで驚異的な新記録が次々に打ち立てられ、世界は「超人類の出現！」と囃し立てる。さらに「超人類」たちの活躍は芸術や科学の分野にもおよび、世界は「超人類」たちのおかげで飛躍的な進歩を遂げようとしてた。しかし同じ時、ブラック・ジャックは90才の老人のように使い古された内臓を持つ少女の死に立ち会い、愕然となる。超人類たちとこの少女との間に隠されていた陰謀の魔の手が、真相を突き止めようとするブラック・ジャックに伸びる…。