Atari Kobayashi è una guardia di dodici anni che vive a Megasaki City, città giapponese di cui è sindaco Kobayashi. Quando, con un decreto esecutivo, tutti i cani domestici vengono esiliati in un'enorme isola adibita ai rifiuti, Atari si allontana da solo alla ricerca del suo cane Spot. Con l'aiuto di nuovi amici, inizierà un epico viaggio che deciderà il destino e il futuro dell'intera Prefettura.

Maghi e Spiriti Eroici combattono e si affrontano nella Guerra del Santo Graal, al fine di ottenere la coppa onnipotente in grado di esaudire qualsiasi desiderio. Si tratta di una guerra distorta, dove una ragazza di nome Sakura Matou annega nell'oscurità a causa dei peccati commessi, e un ragazzo di nome Shirou Emiya si lancia nella furiosa battaglia per proteggere la ragazza che ama e fermare la Guerra.

Shiro approfondisce il suo rapporto con Sakura mentre continua a combattere la Guerra del Santo Graal, sebbene non sia più un Master.