筒井康隆の小説『時をかける少女』が原作であるが、原作の物語の映画化ではなく、原作の出来事から約20年後を舞台に次世代の登場人物が繰り広げる物語を描く続編である。

1666年の過去を見て、サラ・フィアーにまつわる真実を知ったディーナ。そして時は1994年、シェイディサイドの未来のために、仲間たちが命がけの戦いに挑む。

ある男と熱い夜を過ごす19歳のジェイだったが、彼は突如として彼女を椅子に縛り付けて奇妙な告白をする。それは性行為をすることで、ほかの者には見えない異形を目にするようになり、彼らに捕まると殺されてしまう怪現象を相手にうつすことができるというものだった。さらに、その相手が異形に殺されたら怪現象は自身に戻ってくるという。信じられないジェイだった。