Pada tahun 2035, terpidana James Cole dengan enggan sukarela dikirim kembali ke masa lalu untuk menemukan asal usul virus mematikan yang memusnahkan hampir semua populasi bumi dan memaksa para penyintas masuk ke komunitas bawah tanah. Tapi ketika Cole keliru dikirim ke 1990 bukannya 1996, dia ditangkap dan dikurung di rumah sakit jiwa. Di sana ia bertemu dengan psikiater Dr. Kathryn Railly, dan pasien Jeffrey Goines, putra seorang ahli virus terkenal, yang mungkin memegang kunci kelompok nakal misterius, Tentara 12 Monyet, yang dianggap bertanggung jawab untuk melepaskan penyakit pembunuh.

Peter Parker adalah seorang siswa SMA yang dibuang oleh orang tuanya saat masih kecil, dan harus diasuh oleh Paman Ben dan Bibi May. Seperti kebanyakan remaja lainnya, Peter mencoba mencari tahu siapa dirinya dan bagaimana ia menjadi orang seperti sekarang. Saat Peter menemukan tas kerja misterius milik ayahnya, ia memulai pencarian untuk memahami hilangnya orang tuanya – yang membawanya langsung ke Oscorp dan laboratorium Dr. Curt Connors, mantan rekan ayahnya. Saat Spider-Man berhadapan dengan alter ego Connors, The Lizard, Peter akan membuat pilihan yang mengubah hidupnya untuk menggunakan kekuatannya dan membentuk takdirnya untuk menjadi pahlawan.