De jonge Gen en zijn familie leven in Hiroshima tegen het einde van W.O.II. Aangezien Gen's vader de mening is toegedaan dat de oorlog niet te winnen is, wordt hij verstoten door de rest van de buurtbewoners.

Twee jaar zijn gepasseerd sinds Edward Elric terecht kwam in het Duitsland van 1921. In die tijd heeft hij veel onderzoek gedaan in de hoop een methode te vinden om terug te kunnen keren naar zijn tijd, helaas zonder resultaat. Wanneer hij hoort dat de Thule Society, die banden heeft met de Nazi partij, achter de locatie van de mystieke andere wereld, "Shambala", is gekomen, krijgt hij opnieuw hoop.

Zoals elke tiener wil Ronald Miller populair zijn. Voor hem lijkt het een onrealiseerbare droom: hij ziet er niet hip uit, draagt geen moderne kleren en is niet sportief. Het is dus niet verwonderlijk dat de meisjes hem negeren en dat hij nooit uitgenodigd wordt op fuiven. Toch is Ronald niet van plan zijn lot te aanvaarden, vooral niet nu hij laatstejaars is.

Takumi Fujiwara heeft zijn eerste overwinning in de racesport achter zijn naam staan. Nu richt hij zich volledig op 'drift-racing', een race-discipline die hij zich onbewust tot in de perfectie heeft aangeleerd, terwijl hij voor zijn vader tofu bezorgde in diens Toyota.

Het verhaal speelt zich af op een normale schooldag. Om precies 2:37 's middags wordt het lichaam van een tiener gevonden in de toiletten van een middelbare school. De film gaat dan terug in tijd om de start van de dag van zes scholieren te volgen in een poging te onthullen wat er precies gebeurde.

Om vrij te zijn van zijn duistere visioenen, gaat Kimihiro Watanuki werken voor Dimensional Witch Yūko, een mystieke vrouw die snel mensen in de problemen helpt – tegen een vergoeding.