Efter endnu en mission, hvor The Avengers efterlader sig talrige civile ofre, kræver politikerne, at superheltealliancens arbejde overvåges og kontrolleres. Spørgsmålet er, om Avengers herved vil være en større hjælp eller blive handlingsmæssigt hæmmede. Situationen udfordrer venskabet mellem Captain America og Iron Man og skaber internt splid i gruppen, hvis medlemmer tvinges til at vælge side.

Blæksprutten dr. Octavius Brine nærer et indædt had til den langt mere nuttede pingvinrace. Forklædt som forsker vil Brine kidnappe alle pingviner i verden og forvandle dem til frastødende mutanter! Men de fire pingvinagenter Skipper, Kowalski, Rico og Rekrut er på sagen, og de får hjælp af indsatsstyrken Nordenvind, der består af en ulv, en sæl, en isbjørn og en ugle.

De færreste er nok klar over, at den sande ordensmagt i dagens Manhattan udgøres af troldmesteren Balthazar Blake, der holder sin ærkefjende, Maxim Horvath, i ave med magi. Men Blake har efterhånden svært ved at klare jobbet alene, og derfor rekrutterer han den nørdede studerende Dave som sin lærling. Efter et lynkursus i troldkunst er Dave klar til at møde sit livs største udfordring.