1988年、アメリカ・マサチューセッツ州ミドルセックス。ある晩、高校生ドニー・ダーコの前に銀色のウサギが現われる。ドニーはウサギに導かれるようにフラフラと家を出ていく。そして、ウサギから世界の終わりを告げられた。あと28日6時間42分12秒。翌朝、ドニーはゴルフ場で目を覚ます。腕には「28.06.42.12」の文字。帰宅してみるとそこには、ジェット機のエンジンが落下していてドニーの部屋を直撃していた。何がなんだか分からないながら九死に一生を得たドニー。その日から彼の周囲では、不可解な出来事が次々と起こり始めた。

カトリーヌ・ドヌーヴの実の姉で、25歳の若さで他界した女優フランソワーズ・ドルレアックが、実際の事件をもとに描かれた激しい不倫の恋の物語を演じた問題作。

不運な事件に巻き込まれ、8年の刑期を終えて出所した元軍人のキャメロン。彼は一刻も早く愛する妻子の顔が見たいと、連邦保安局の空輸機に乗り込んだ。だが、その空輸機は凶悪犯サイラスが率いる囚人グループにハイジャックされてしまう。

シューズ・デザイナーのドリュー・ベイラー（オーランド・ブルーム）が新たにデザインした靴の売り上げがさっぱりで会社は倒産寸前、ドリューは会社を首になる。希望を失ったドリューが自殺を決意すると妹から父が死んだと連絡が入る。

ある日、世界中で連続的な怪現象が発生した。日本では駿河湾が凍り付き、エジプトでは突然の吹雪。さらにロサンゼルスでは大停電が起こった。しかし、アメリカ国民はそのニュース以上に「ファンタスティック・フォー（FF）」のビッグなカップル、リードとスーの結婚の話題で盛り上がっていた。世界各地で起こる怪現象に興味をそそられながらも、愛するスーのために平静を装うリード。そんなリードを見かねたジョニーは、ベンと共にリードのバチェラー・パーティーを開いた。独身最後の夜を楽しむリードだったが、そんな彼に米軍のヘイガー将軍から要請が下る。怪現象が起きた場所の上空で観測された謎の閃光を調査してほしいと言うのだ。是が非でも依頼を受けたいリードだったが、その場にスーが居合わせたため、彼女に秘密で調査を進めることになった。

娘のサマンサの変死体がロサンゼルスの郊外で発見されたと知らされ、イギリスから駆け付けた傭兵のウォーカー。ところが、安置室でいざ遺体と対面した彼は、それが娘とは別人のものであることを知る。自らの手で事件の謎を解こうと、ウォーカーは、娘が勤めていたIT企業の会社社長シュースターのもとへ直談判に出掛けるが、相手は何も知らないと言い張るばかり。しかしシュースターこそ、殺人事件の黒幕にほかならなかった。

第2次世界大戦で活躍したパイロットたちが、仲間を陥れた麻薬組織を壊滅させるため、往年の名機でジェット戦闘機と空中戦を繰り広げる。