物質移動と遺伝子組み換えについて研究している科学者セスは、物質を別の空間に転移する新装置“テレポッド”を発明する。セスと出会った雑誌記者のベロニカは装置のことを特ダネにしようと彼に提案し、やがて2人は愛し合う仲になる。やがてセスは自ら“テレポッド”の実験台になるが、装置の中に1匹のハエがまぎれ込んでいたせいで、彼の肉体に異常な変化が。なんとセスの肉体に、少しずつハエのような特徴が現われてくる。

超能力をビジネスに利用している警備会社コンセックの科学者により、その能力をさらに開発された超能力者のベイル（スティーヴン・ラック）。ベイルの任務は、もう一人のスキャナー、レボック（マイケル・アイアンサイド）の追跡。しかし、驚異的な力で世界をわがものにしようとたくらむレボックは、彼の野望に逆らうスキャナーたちを虐殺し始め……。

画期的な人工皮膚の研究をしていたペイトン。恋人の弁護士ジュリーが研究所に持ち込んだ書類がきっかけとなり麻薬組織に襲われ研究所諸共爆破され全身を焼かれたまま、爆破の衝撃で吹き飛ばされ行方不明となってしまう。死んだと思われていたペイトンだが身元不明の重傷者として病院に収監されていた。意識を取り戻したペイトンは復讐心に駆られ病院を脱走しかつて研究していた人工皮膚を利用し、誰にでもそっくりに化けることができる事が可能となる。人工皮膚を使い醜い焼けどの化け物に自分をした麻薬組織への復讐を始めるのだった。

今から遠くない未来の話。フリーのコンピューターエンジニアのマイケル・ジェニングスは、プロジェクトを完成させる度に、機密保持のためそのプロジェクト期間の記憶を消されていた。そんなある日、大企業のオールコム社から100億円もの大金を報酬に提示される。その代償は3年間分の記憶。しかし、記憶を消した後のマイケルが手にしたものは、19個のガラクタが入った紙袋だけだった。さらにマイケルは、FBIやオールコム社のエージェントに追われ始める。

ひとりのうらぶれた男（松本人志）がインタビューを受けている。都内の一軒家で野良猫と暮らすその男は、「大佐藤大（だいさとうまさる）」という名前だった。インタビューのクルーは、彼のプライベートを追いかける。大佐藤は常に折りたたみ傘を携帯し、町の食堂で力うどんを好んで食べる。彼には、別居中の妻と娘がいる。そしてまた、老いた祖父が老人ホームにいた。祖父の面倒を見るのは、大佐藤大だけだった。大佐藤の仕事とは、街に獣が現れたときに巨大化して「大日本人」となり、それを退治するというものだった。先祖から世襲で続き六代目となる家業だが、最近は批判の声も多く、肩身を狭くしながら日々を過ごしている。かつて、祖父の時代には環境にも恵まれていたと語る六代目大佐藤。大日本人と獣の戦いはテレビ中継もされているが、昨今では深夜帯にしか流れていない。そんな状況を改善するため、女マネージャー（UA）は大日本人の身体に広告を入れることを提案して、やむなく大佐藤もそれを受け入れる。締ルノ獣（海原はるか）、跳ルノ獣（竹内力）、匂ウノ獣（板尾創路）、童ノ獣（神木隆之介）らを倒した大日本人の前に、最強の敵・ミドンが現れた。苦しめられる大日本人。そこに介入してきたのが「大アメリカ人」こと、スーパージャスティス（宮迫博之）とそのファミリーだった。あっという間にミドンを退治したスーパージャスティスたちは、大日本人をスーパージャスティス星へと招く。そこで行われるファミリーでの反省会に参加しながら、大日本人はひたすら困惑するのだった。

宇宙観測所に務める科学者ゼインは、ある夜、正体不明の電波をキャッチする。地球外生命の証拠に間違いないとデータをNASAに提出するが、ボスであるゴーディはそれを黙殺し、ゼインも突然解雇されてしまう。納得のいかないゼインは自宅に観測所を作り、隣に住む黒人の少年キキと共に観測を続け、その電波がメキシコから発している事を突き止めた。到着した現地で謎の男に命を狙われながらも、ゼインは山奥に存在するオムニテック社の巨大プラントに行き当たる。

技術的には可能だが人間のクローン製造が6d（シックス・デイ）法によって禁じられた近未来。ある日自宅に戻ったチャーターヘリのパイロット、アダムは、そこで自分と寸分違わない男と出くわす。もちろん双子の兄弟などいない彼は、その男が自分のクローンだと確信するが、そのとき、武装した謎の一味が彼を襲う。家も家族もクローンに奪われ、理由も分からず追われる身となったアダムは、事態の全容を確かめるために奔走する。

カルメン＆ジュニは世界の危機を救ったことで、OSS（戦略事務局）の一部門として設立されたスパイキッズに採用され、今日も活躍していた。ある晩、大統領主催のOSSパーティが開かれた。そこにはカルメン＆ジュニたちの他に、ライバル・スパイキッズ、ギグルズ兄妹と彼らの父でグレゴリオと次期OSS局長を争うダナゴンもいた。パーティも佳境に入った頃、大統領が持っていた秘密兵器トランスムッカーが何者かに盗まれてしまう。カルメン＆ジュニはトランスムッカーを追って、奇妙な動物が棲息する謎の島に辿り着き、そこで怪しげな男、ドクター・ロメオに出会うのだった。