Действието на Аватар: Природата на водата се развива 14 години след събитията в Аватар. Джейк Съли (Сам Уортингтън) живее щастливо заедно с Нейтири (Зоуи Салдана) и техните деца, но когато стара заплаха надвисва отново над Пандора, двамата са принудени да напуснат дома си, отправяйки се към различни региони на изобилстващата от живот луна и да търсят помощта на други на‘ви племена. Неприятностите обаче ги следват плътно по петите…
Годината е 2024, изчерпването на природните ресурси е тласнало планетата към нова ера на постоянна война. Разочарован от настоящето и съвременниците си учен на име Рой е отговорен за поддръжката на таен подземен бункер, в който малцина избрани се надяват да преживеят предстоящата ядрена катастрофа. Ситуацията се променя драматично, когато Рой се оказва затворен в бункера без да знае какво се случва на повърхността. Никой не може да му помогне и той е оставен сам с мислите си и интелигентния компютър Артър. След няколко странни и необясними явления, Рой започва да си мисли, че не е сам в бункера и да се чуди дали бавно не губи разсъдъка си.