高名な建築家の森谷から、高校生探偵・工藤新一宛てにパーティーの招待状が届く。コナンは新一の声で蘭に代理出席を依頼、自分はコナンの姿で付き添うことになった。パーティーの数日後、爆弾のもとになる特殊火薬が盗み出され、連続放火事件が発生。さらには犯人らしき人物から、新一に挑戦するような爆破予告がなされる。見えない犯人を相手に、隠された爆弾を次々と発見していくコナンは、やがて事件の共通点に気付き……。

100人斬りの異名を持つ万次は、わなによって妹を失い、謎の老人に永遠の命を与えられる。死ぬことのできない無限の体となった今、斬られた傷は自然に治るが、剣術の腕は落ちていた。ある日、孤独な万次の前にあだ討ちを頼みたいという少女・浅野凛が現れる。彼女の願いを聞き入れた万次は、凛と共に剣客集団・逸刀流の首領である天津影久の命を狙う。

それを手にした者には未知のパワーが宿るといわれる伝説のメダルを持つ少年が、密輸犯罪組織のボス、スネークヘッドに誘拐される。香港警察の刑事エディは少年救出のためにアイルランドに赴く。