포드 브로디는 어렸을 때에 일본 내 원자력 발전소에서 방사능 피폭사고로 어머니를 잃는다. 15년 후 포드의 아버지 조는 사고의 원인이 자연재해가 아닌 다른 것이라고 믿고 계속해서 조사를 하지만 금지구역에 들어갔다가 결국 포드와 함께 붙잡히게 된다. 비밀 연구소로 옮겨진 그들은 정부가 감추고 있던 괴생명체의 고치를 보게 되고, 때마침 고치에서 부화한 무토는 그곳을 빠져나가 인간들의 도시를 파괴하며 난동을 부리기 시작한다. 한편 무토가 뿜어내는 신호를 듣고 거대한 괴수가 쓰나미를 일으키며 나타나는데...

나를 쉬게 하고 싶다면 이곳으로 오세요! 소원을 이루어준다는 '달무지개'를 보러 하와이 북쪽, 호노카아 마을에 찾아온 레오는 여자친구와 다투고 이별을 맞는다. 이후 호노카아를 다시 찾은 레오는 작은 영화관에서 일하며 과묵한 극장 주인 버즈와 먹보 에델리 부부, 괴짜 요리사 비이 할머니, 여배우를 동경하는 고이치 할아버지 등 독특한 매력을 지닌 마을 사람들과 친해지게 된다. 젊은 시절 남편과 사별한 비이는 고양이밥을 몰래 먹은 레오를 위해 매일 정성스런 식탁을 준비하고 자신의 요리를 맛있게 먹는 그를 보며 기쁨을 느낀다. 한편 이국적이고 아름다운 머라이어에게 첫눈에 반하게 된 레오, 비이는 그런 레오를 보며 알 수 없는 감정에 사로잡히게 되는데…