FBI特別捜査官チェット・デズモンドは町のウエートレス、テレサ・バンクスの殺害事件を調査中に謎の失踪を遂げる。それから1年後、町全体に巣くった邪悪な者達は学園の女王であるローラ・パーマーを標的にし始めていた。時を同じくして、テレサ・バンクス殺害事件の捜査を引き継いだ特別捜査官デイル・クーパーは、彼に備わった特別な才能、鋭い第六感を生かして深い謎を解明しようと決意するのだった。

心の底から愛した女性と結ばれなかったチャン（トニー・レオン）は、「2046」というタイトルの小説を書き始める。それは“失われた愛”を取り戻そうと“2046”という場所を目指してミステリートレインに乗り込んだ男女を描いた小説だった。

ニッキー（ローラ・ダーン）とデヴォン（ジャスティン・セロー）は、映画監督のキングスリー（ジェレミー・アイアンズ）が手掛ける映画に出演することになる。その作品は、ある秘密を抱えており、主演女優のニッキーは役にのめりこむにつれ、次第に役柄と私生活を混同し始めるようになる。

2035年のシカゴ。ロボットは人間の日常生活に欠かせない存在となっており、人間とロボットの共存は、3原則によって守られていた。　一. ロボットは、人間に危害を加えてはならない。　一. ロボットは、人間から与えられた命令に服従しなければならない。　一. ロボットは、前掲第一条及び第二条に反する恐れのない限り、自己を守らなければならない。ある日、ロボット開発の権威である科学者が謎の死を遂げる。その死にロボットの関与を疑ったスプーナー刑事は、ロボット心理学者カルヴィン博士の協力のもと、その謎を究明していく。そして、想像を絶する恐ろしくも巨大な陰謀に巻き込まれていくのであった・・・・・・。

とある殺人現場を目撃したために、組織に命を狙われるようになったクラブ歌手が、裁判の日まで修道院でかくまわれるハメに。しかし、元々下町で下品に育った彼女がそんなに神聖にできるはずもなく、やがて、聖歌隊をゴスペル風に改造し……。

人里を離れて生活をしていたファイアフライ一家は、武装警官たちに襲撃され、銃撃の中で目を覚ます。ママは捕獲され、オーティスとその妹のベイビーだけは脱出に成功し、モーテルに身を潜めた。お尋ね者となった兄妹はそこでも惨たらしい殺人を犯し…。

3人のバックパッカーは、彼らを待ち受ける地獄の見当もつかず、快楽主義的な期待に応えることを約束するスロバキアの街に向かう。