名家の四世、オリバーとイタリア移民の娘、ジェニーは次第に惹かれ合い、父の反対を押し切ったオリバーは、ハーバードの法律学校へ入る少し前にジェニーと結婚。送金は中止されるが、学費や生活費の為にジェニーは働き、貧しいながらも幸せな日々を送っていた。そしてオリバーは優秀な成績で卒業し法律事務所へ勤めるため２人はニューヨークへ移るのだった。

牧師だったグラハムは妻の事故死を境に牧師をやめ、弟のメリル、そして二人の子供達と静かに暮らしていた。しかしその家族の前に様々な兆候（サイン）が現れる。愛犬の暴走、畑に出現したミステリーサークル、家の周りに出没する姿の見えない謎の存在。そしてサインは世界各地に現れるようになった。はたしてサインは何を意味するのか。