マクマナス兄弟は、マフィアと諍いをお越したことが原因で自宅を襲撃される。その際相手を殺害した兄弟は、留置場に入れられるが神の啓示を受ける。出所後、教えに従い悪人退治に出掛ける。S・P・フラナリーとノーマン・リーダスがクールな処刑人を演じる。

密輸品取引現場に踏み込んだFBIにより、裏社会の大物セイントの息子ボビーが射殺される。憤怒したセイントは裏切り者を捜さんと、潜入捜査をしていたFBIのフランクを見つけ出す。家族を守るために転任を決意し、束の間の休暇を楽しんでいたフランクだが、そこへセイントの追っ手が現われ、妻子を殺されてしまう。ただひとり生き残ったフランクだが絶望の中から立ち上がり、闇の私刑執行人“パニッシャー”へと生まれ変わる。

極秘暗殺作戦に参加した、元特殊部隊最強の暗殺者。計画は闇に葬られたはずが、彼の命を狙う魔の手が迫る。真相を突き止めるため、男は再び銃を手にして戦いへ。

義賊として知られる大泥棒ハーランは、恋人との新生活のため泥棒稼業から足を洗おうと決め、ラスベガスの警備会社で運転手の職に就く。だが初仕事のさなか、上司が突然カジノの警備員を射殺し、運ぶはずの売上金を奪って逃走する。ハーランは銃で脅され車を運転するはめになるが、気が付けば強盗と殺人の罪を押しつけられていた。獄中で罠にはめられたと知った彼はギャングのアイス・クールを相棒に、復讐のための脱獄を計画する。