Profesor Charles Xavier dan timnya yang terdiri dari para pahlawan super berbakat secara genetik menghadapi gelombang sentimen anti-mutan yang dipimpin oleh Kolonel William Stryker. Storm, Wolverine, dan Jean Grey harus bergabung dengan musuh bebuyutan mereka—Magneto dan Mystique—untuk menggagalkan rencana Stryker untuk membasmi semua mutan.

Di dunia di mana mutan (manusia berkekuatan super berevolusi) ada dan didiskriminasi, dua kelompok terbentuk untuk bentrokan yang tak terhindarkan: Persaudaraan supremasi, dan X-Men yang pasifis.

Ketika obat untuk menyembuhkan mutasi ditemukan, garis ditarik antara X-Men—yang dipimpin oleh Profesor Charles Xavier—dan Brotherhood, sekelompok mutan kuat yang diorganisasi di bawah mantan sekutu Xavier, Magneto.

Di dunia yang dilanda infeksi virus, mengubah korbannya menjadi Mayat Hidup, Alice melanjutkan perjalanannya untuk menemukan orang yang selamat dan membawa mereka ke tempat yang aman. Pertarungan mematikannya dengan Umbrella Corporation mencapai puncaknya, namun Alice mendapat bantuan tak terduga dari seorang teman lama. Sebuah petunjuk baru yang menjanjikan tempat berlindung yang aman dari para Undead membawa mereka ke Los Angeles, namun ketika mereka tiba, kota tersebut dikuasai oleh ribuan Undead - dan Alice serta rekan-rekannya akan masuk ke dalam perangkap maut.