1939年、ポーランド・ワルシャワ。ヤンとアントニーナ夫妻は、ヨーロッパ最大の規模を誇るワルシャワ動物園を営んでいた。ドイツがポーランドに侵攻し、第二次世界大戦が勃発。ヤンがゲットー（ユダヤ人の強制居住区域）に忍び込みユダヤ人たちを次々と救出し、動物園の檻に忍び込ませる。この“救出活動”がドイツ兵に見つかったら自分たちだけでなく我が子の命すら狙われてしまう。彼らはいかにして300もの命を救ったのか-。

1958年の西ドイツ・フランクフルト。第2次世界大戦の終結から10年以上が経過し、復興後の西ドイツではナチスドイツの行いについての認識が薄れていた。そんな中、アウシュビッツ強制収容所にいたナチスの親衛隊員が、規約に違反して教師をしていることがわかる。検察官のヨハンらは、さまざまな圧力を受けながらも、アウシュビッツで起きたことを暴いていく。