Een rondtrekkend circus strijkt neer in een Hongaars dorpje. De bewoners vergapen zich aan de belangrijkste attracties, zoals het opgezette skelet van een walvis en een geheimzinnige 'Prins', die als een ware demagoog de bevolking in zijn greep probeert te krijgen.
Matilde, Cencio, Fulvio en Mario werken in het circus en zijn als familie, wanneer de Tweede Wereldoorlog in Rome uitbreekt. De circuseigenaar Israel zoekt naar een manier om samen het land te verlaten, maar verdwijnt hierdoor van het toneel. De vier vrienden blijven verweesd achter. Zonder werkplek verliezen ze hun plaats in de maatschappij. Als rariteiten zwerven ze rond in een door oorlog verscheurde stad.
De kleine Fenix werkt als goochelaar in een circus in Mexico-Stad. Zijn vader is een driftige messenwerper in een te klein luipaardvel. Zijn moeder, een trapeziste die ook de hogepriesteres is van een religieuze cultus, gewijd aan een maagd zonder armen.
Een jonge jongen wordt door een trein meegenomen op een mysterieuze reis. BAFTA-winnende 14 minuten durende bewerking van het boek van H.R. Millar uit 1927, Dreamland Express.
De film vertelt het verhaal van Dr. Parnassus (Christopher Plummer), die met zijn theatergezelschap stad en land afreist om het publiek nog nooit vertoond vertier voor te schotelen. Zijn gave maakt het zijn publiek mogelijk om via een magische spiegel aan de realiteit van alledag te ontsnappen. Maar er rust ook een vloek op hem. Al eeuwen lang sluit hij namelijk weddenschappen af met de duivel, Mr. Nick (Tom Waits), waaraan hij o.m. zijn exclusieve onsterfelijkheid te danken heeft. Diezelfde Mr. Nick keert nu terug om een prijs voor hemzelf op te eisen, namelijk de innemende en kostbare dochter van Dr. Parnassus, Valentina (Lily Cole), op de dag dat ze zestien jaar wordt. Dr. Parnassus heeft nog een laatste weddenschap met Mr. Nick nodig om zich uit deze benarde situatie te redden.
Mariko studeert aan een zendingsschool in Shinshu. Ze gaat van school en sluit zich aan bij haar vader tijdens een circustournee wanneer ze ontdekt dat haar vader, Ryutaro, die ze altijd dacht dat een landbouw- en bosbouwingenieur was, een circusclown is. Na verloop van tijd trekt Mariko's zang de aandacht van het publiek.