Het begint allemaal met een langverwachte voetbalwedstrijd tussen Inazuma Legend Japan en Shinsei Inazuma Japan. Tenma en Mamoru staan serieus tegenover elkaar in het Holy Road-stadion, terwijl Ban en zijn vrienden op hun beurt een menigte LBX's achtervolgen. Het robotleger valt vervolgens het stadion binnen met als doel alles te vernietigen. De voetballers begrijpen de situatie niet volledig, maar willen actie ondernemen en proberen de talrijke aanvallers die uit de lucht komen uit te schakelen, met de hulp van de LBX's van Ban en zijn vrienden. Het verhaal van twee totaal verschillende universums die zich verenigen om tegen hun vijanden te vechten. De toekomst van de wereld ligt in hun handen.
De California Atoms, een American Football team, staan op de laatste plaats en hebben geen enkele hoop om hogerop te geraken. Wanneer ze echter de mascotte van het team, een ezel, als speler inzetten, beginnen ze te winnen. De concurrentie is hier echter niet zo gelukkig mee.
De tweelingzusjes Emma en Sam bedenken een plan om van plaats te wisselen, zodat ze allemaal kunnen spelen in het voetbalteam van hun voorkeur.