Into Great Silence is de eerste film ooit over het leven in La Grande Chartreuse, de vestiging van de legendarische Kartuizer Orde in de Franse Alpen. De monniken leven aan de hand van eeuwenoude regels en rituelen. De Kartuizer Orde is de meest gesloten orde van de rooms-katholieke kerk en is bijna helemaal verborgen voor de buitenwereld. Dat Philip Gröning toestemming heeft gekregen dit klooster als buitenstaander en vooral als filmer te betreden is een unicum te noemen. Vóór Into Great Silence is er in La Grande Chartreuse nog nooit gefilmd en de laatste foto's die er genomen zijn stammen uit de jaren 60...

Zwitserland voert nog steeds speciale vluchten uit, waarbij passagiers, gekleed in luiers en helmen, in het slechtste geval veertig uur lang aan hun stoel worden vastgeketend. Ze worden vergezeld door politieagenten en immigratieambtenaren. De passagiers worden naar hun geboorteland gevlogen, waar ze al twintig jaar geen voet meer hebben gezet en waar hun leven mogelijk in gevaar is. Kinderen, vrouwen en werk blijven achter in Zwitserland. In de buurt van Genève, in de gevangenis van Frambois, wonen 25 illegale immigranten die wachten op deportatie. Zij krijgen de kans om afscheid te nemen van hun families en met een reguliere vlucht terug te keren naar hun geboorteland, begeleid door politieagenten in burger. Als ze dit aanbod weigeren, wordt de speciale vlucht snel en onverwacht geregeld. De verhalen achter de afgesloten cellen zijn werkelijk hartverscheurend.