第二次世界大戦末期。インド洋では、次々と艦船を撃沈するドイツ軍のＵボートが連合軍にとって大きな脅威となっていた。その阻止を命じられた連合軍のルイス・ピュー中佐とキャビン・スチュワート大尉は、ポルトガルに停泊する艦船がドイツ軍に情報を流していることを突き止める。だが、ポルトガルは中立国のため、攻撃を仕掛けることはできない。そこで、民間人を装った高齢の退役軍人たちによる極秘作戦を計画する。

2005年4月、鹿児島の枕崎漁港に一人の女性が訪れた。その女性、内田真貴子は大和が沈没した地点へ連れて行って欲しいと漁師達に頼むが相手にしてくれない。そんな漁師の中に、水上特攻時に大和の乗組員として乗艦していた神尾克己がいた。一度は真貴子の頼みを断るが、彼女が自分の恩人であった内田兵曹の養女である事を聞かされ 彼女の頼みを聞き入れる事にした神尾は自分の漁船に彼女を乗せ、大和の沈没ポイントへと出航した。そして、戦後ずっと閉ざしていた口を開き、内田兵曹の話を彼女に語り始めるのであった。