私立のラシュモア高校に通う行動派生徒のマックスは、並行して20前後の課外活動をこなすという忙しい毎日を送っているが、肝心の学業は不振。高校に新たに赴任した女性教師クロスに好意を抱くが、高校に無断で水族館を建てようとしたせいで退学となり、公立校に転校することに。クロスを忘れられないマックスだったが、自分の大人の友人であるブルームに彼女を取られてしまったせいで、次第に自暴自棄になっていく。

１９９０年、ジョージタウンで黒人の少年と２人の神父が殺されるという連続猟奇殺人事件が発生する。犠牲者の首を切りキリスト像とすげ替えるという犯行の手口は１５年前に犯人が処刑された“乙女座殺人事件”と同じだった。捜査に当たったキンダーマン警部は、殺された神父達はどちらも１５年前に起こった“エクソシズム（悪魔払い）”事件に関係があったという共通点を発見する。

クローズZEROⅡから1カ月後。滝谷源治、芹沢多摩雄らが卒業し、新年度を迎えた鈴蘭高校では、空席になった“頂点”の座を狙って、 新3年生達が次々と名乗りをあげていた。頂点に最も近い男・強羅徹、そのライバルと目される高木哲次、お調子者を装うキレモノ・小岐須健一、 凶悪なる転入生・山下甲兵。しかし2人の男の登場で、鈴蘭の勢力図は大きく変わることになる。「自由気ままに生きたいだけ」と頂点争いに興味を 示さない3年転入生・鏑木旋風雄。本能のまま好戦的に暴れる新１年生・加賀美遼平。対照的な2人が互いを宿敵と認めたとき、鈴蘭史上例を見ない内部抗争が幕を開けた。 一方、黒咲工業高校を束ねる柴田浩樹は、暴行事件でドロップアウトした藤原一の存在に頭を悩ませていた。バイクチームO・D・Aのリーダー織田とともに、周辺の不良高校 生達に次々と襲撃を仕掛ける藤原。その真のターゲットは、内部抗争によって崩壊寸前の鈴蘭高校だった…。

恐るべきあの出来事から４年。悪魔祓いで救われたリーガンはすっかり平穏な生活を取り戻したかに見えた。だがある日、彼女の中にまだ悪魔が棲みついていることが判明する。一方、教会当局から派遣されたラモント神父は、メリン神父の行いの真偽を含め４年前の事件の調査を開始。そしてリーガンに会った彼は、彼女の記憶から、メリンが昔アフリカで少年の悪魔祓いを行なったことを突き止める。