伝説の黄金郷エル・ドラドへの地図を手に入れたサギ師トゥリオとミゲール。憧れの地にたどり着くが、計画通りに事は運ばない...。

1891年のロンドン。若い女性が次々と誘拐され、儀式を思わせる不気味な手口で殺されてしまう。私立探偵ホームズと相棒ワトソンはスコットランド・ヤードと連携し、邪悪な黒魔術を操る犯人、ブラックウッド卿を逮捕。だがブラックウッド卿は死刑の直前、すぐに復活すると言い残す。その後ブラックウッド卿が甦ったとの報せがホームズたちに届いたのに続き、世界征服をめざすブラックウッド卿は、ある秘密組織を乗っ取っていた。

ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、カバのグロリア、キリンのメルマンの４頭とその仲間たちがマダガスカル島に漂着してから数年後。ようやく飛行機でニューヨークへ帰る手筈が整うが、離陸して間もなく燃料切れで不時着してしまう。そこは、彼らの生まれ故郷、アフリカ大陸だった。様々な動物と交流を育むアレックスたち。だがそんな中、水が枯渇する事態に見舞われる。アレックスたちはその原因究明に奔走する。

19世紀末に海賊船と共にシンガポール近海に沈んだとされる、世界最大のブルーサファイア“紺青の拳”。現地の富豪が回収を目論み、表舞台にその姿を現した時、マリーナベイ・サンズにて殺人事件が発生。現場には、怪盗キッドの血塗られた予告状が残されていた──。一方、シンガポールで開催される空手トーナメントを観戦する為、蘭と園子は現地を訪れていた。パスポートを持っていないので海外渡航できないコナンは留守番のはずだったが、彼を利用しようとするキッドの奇術的な方法により、強制的にシンガポールへ連れてこられてしまう。

アニメ製作会社に勤めるティムは、妻と平凡な生活を送っていた。ところがある日、愛犬が緑色の奇妙なマスクを拾ってきたことから、彼の運命は一転。何とそれは、かぶった者の秘めたる欲望を解放する伝説のマスクだったのだ。そうとは知らずマスクをかぶったティムは、仮装パーティで緑色の怪人となって大騒ぎ。一躍ヒーローになった彼は帰宅後、そのままの勢いで妻とベッドイン。そして１０ヵ月後、待望のベビーが生まれる。