動物愛護活動家が医療科学研究所を襲撃した。研究員はチンパンジーが危険な感染症にかかっていると警告するが活動家は耳を貸そうとしない。檻から出した途端、チンパンジーは研究員や活動家に襲いかかった。28日後。交通事故で昏睡状態に陥っていたバイク・メッセンジャーのジムは、ロンドン市内の病院の集中治療室で意識を取り戻す。ベッドから起き廊下をさまようジムだったが院内にはまったく人の気配がなかった。人の影を求めて街へ飛び出したジムは、そこで驚くべき光景を目にする。

親元を離れ、街から逃げ出すための資金が必要なロッキーは、恋人のマニーと友人のアレックスとともに、地下に大金を隠し持っていると噂される盲目の老人の家に強盗に入る。しかし、その老人は目が見えないかわりに、どんな音も聴き逃さない超人的な聴覚をもち、さらには想像を絶する異常な本性を隠し持つ人物だった。暗闇に包まれた家の中で追い詰められたロッキーたちは、地下室にたどり着くが、そこで恐るべき光景を目の当たりにする。

１９９０年、ジョージタウンで黒人の少年と２人の神父が殺されるという連続猟奇殺人事件が発生する。犠牲者の首を切りキリスト像とすげ替えるという犯行の手口は１５年前に犯人が処刑された“乙女座殺人事件”と同じだった。捜査に当たったキンダーマン警部は、殺された神父達はどちらも１５年前に起こった“エクソシズム（悪魔払い）”事件に関係があったという共通点を発見する。

恐るべきあの出来事から４年。悪魔祓いで救われたリーガンはすっかり平穏な生活を取り戻したかに見えた。だがある日、彼女の中にまだ悪魔が棲みついていることが判明する。一方、教会当局から派遣されたラモント神父は、メリン神父の行いの真偽を含め４年前の事件の調査を開始。そしてリーガンに会った彼は、彼女の記憶から、メリンが昔アフリカで少年の悪魔祓いを行なったことを突き止める。