巨大迷宮から脱出するために3年もの歳月を費やしたトーマスと仲間たちだったが、謎は深まるばかり。捕らわれた仲間ミンホを救い出すため、そして自分たちが閉じ込められた理由を突き止めるために、彼らは決死の覚悟で伝説の迷宮に逆侵入することを決意する。そんな彼らの前に、謎の組織「WCKD」が立ちはだかる。

落ち目のミュージシャンのデヴィッドは恋人に浮気され、姉の家に転がりこむことに。そして甥っ子の通う学校の先生キャロラインに一目惚れ。運命を感じたデヴィッドは、自ら志願して甥っ子の遠足に同行する。そして、その動物園には子供たちに大人気のテレビ番組司会者テディ・マクギルが！喜び遠足を楽しむ子供たち。そんな中、楽しい動物園に突如ゾンビが出現！果たしてデヴィッドとキャロラインは、無事帰ることができるのか！？