南極にある皇帝ペンギンの国“エンペラー帝国”。彼らにとって何より大事なことは、自分だけの“心の歌”を見つけること。ところがマンブルは筋金入りの音痴で、小学校では幼なじみのグローリアが美声を披露するのとは対照的に調子外れな音程で大非難を浴びる始末。その代わり生まれつきタップダンスが得意なマンブルは、アデリー・ペンギンの５人組“アミーゴス”に踊りを絶賛され意気投合。しかし、そのダンスが帝国に災いをもたらすと判断した長老の命令でマンブルは追放の身に。さらに、ペンギンの食糧となる魚を乱獲する人間たちを説得しに向かった彼は、挙句に捕らえられてしまう。

架空の未来都市チャンピオン・シティ。ここに暮らす3人のダメ人間、ミスター・フューリアス、ブルー王子、シャベラーは、スーパーヒーロー・キャプテン・アメージングに憧れ、彼のようになることを夢みて活動していた。しかし、そのキャプテン・アメージングの実体は、商業主義にどっぷり漬かった最低の俗物だった。そんなある日、キャプテン・アメージングが世紀の大悪党カサノバに拉致されてしまう。それを知った3人はカサノバの魔の手から街を守るべく立ちあがる。