不時着した謎の宇宙船を発見した少年が、船内にいた少女とともに紀元前6500万年にタイムスリップしてしまう。次々現れる脅威に立ち向かいながら、帰郷のために奮闘する2人の姿を描くSFパニック・アクション。

夫のガブリエルは著名な物理学教授で妻マリカは芸術家。二人は９歳の息子エロルと共に幸せな家庭を築いていた。ある日、学会に出掛けたガブリエルが、突如何の痕跡も残さず地球上から消えてしまう。ガブリエルの失踪は、マリカを憔悴させ、21歳になったエロルは、祖父でありガブリエルの師であるサルの元で物理学を学び始める。そして、サルが発見したガブリエルの研究ノートから、彼がタイムトラベルを研究していたという驚愕の事実を知ることになる。 エロルは危険を顧みず、父と再会するためタイムトラベルに挑む。

6500万年前の地球、リュウソウ族とドルイドン族が激しい戦いを繰り広げるなか、隕石が迫る。ドルイドンはリュウソウ族の脱出艇をすべて破壊し宇宙へ逃亡する。 2019年現在の地球ではコウ達6人とういが福井県立恐竜博物館にやってきていた。するとそこに6500万年前のリュウソ族であるユノがタイムスリップしてきた。ユノはコウ達に「お父さんを止めて」とお願いしてくる。事情を聞いたコウ、メルト、アスナ、トワ、バンバは現れた始祖マイナソーの能力によって6500万年前とタイムスリップすることになる。 タイムスリップした6500年前ではユノの父であるヴァルマが隕石から逃れるための地下シェルターを建設していたものの、すべてのリュウソウ族を収容するものではなく、戦わせて生き残ったリュウソウ族を収容しヴァルマがその頂点に立つことで世界を支配しようとしていた。 コウたち5人はヴァルマの野望を阻止し、隕石落下を阻止するために過去と現在を行き来することになる。