El jove Malik El Djebena, francès d'origen àrab, ingressa a la presó per complir una pena de sis anys. Encara que al principi la vida a la presó li resulta molt dura perquè està sol, s'adapta ràpidament i, gràcies al seu carisma, es guanya a poc a poc la simpatia dels membres de la màfia corsa, que tenen subornats a els guàrdies i controlen tot el que passa a la presó.

L'amenaça d'un terrorista de posar un seguit de bombes en una ciutat molt poblada, farà que el famós detectiu adolescent Shinichi Kudo, àlies Conan Edogawa, hagi de fer servir la seva increïble capacitat de deducció per salvar un munt de vides, que ara són a les seves mans. Al costat de la Ran Mouri, la seva companya de classe i encara millor amiga, en Conan posarà fil a l'agulla al cas del professor Moriya, un arquitecte obsessionat amb la simetria.

Un matí, la Ran es desperta esverada per un malson. A ella, i la seva mare l'Eri els hi disparen; la Ran no sap el perquè d'aquest somni fins que recorda que 10 anys abans el seu pare en Kogoro, quan encara estava en el cos de policia, va disparar a l'Eri com a única manera d'arrestar al criminal Joh Murakami. Justament en aquests dies, Joh Murakami ha sortit de la presó després de complir una condemna de 10 anys pels seus crims.