Traja kozmonauti sa pri návrate na Zem ocitnú na planéte, kde ľudia sú primitívnymi tvormi, nevedia hovoriť či abstraktne myslieť, a opice ovládajú reč i všetky technológie. Jedného z nich zajmú a zavrú v sídelnom meste do väzenia. Keďže má poranené hrdlo, nemôže s opicami komunikovať, a tie ho preto považujú za príslušníka primitívnej ľudskej rasy.
Mladý vedec Will Rodman vyvíja liek proti Alzheimerovej chorobe, ktorou trpí aj jeho otec. Sľubný výskum sa však zadrháva kvôli nežiadúcim vedľajším účinkom, ktoré vykazujú pokusné živočíchy po aplikácii liečebnej látky. Sklamaný vedec opúšťa výskum, odchádza starať sa o otca a ako bonus si tajne odnáša šimpanzie mláďa, ktorého rodičia zomreli pri Willových pokusoch. U šimpanza Caesara sa postupne začne prejavovať vysoká inteligencia a Will zistí, že za to zrejme môže pôsobenie jeho lieku. Začne mu ho tajne podávať a tým nechcene otvorí bránu k ľudskej skaze. Čím ďalej inteligentnejšie zviera sa po čase ocitne v prírodnej rezervácii, kde začne na čele ostatných opíc pomaličky pripravovať vzburu proti tým, ktorí zabili jeho rodičov a jeho zavreli do tohto "fešáckeho kriminálu". Teda proti ľuďom.
Vojna o planétu opíc začína dva roky po udalostiach predchádzajúcej snímky Úsvit planéty opíc. Z inteligentného šimpanza Caesara sa stal nespochybniteľný vodca rozrastajúceho sa spoločenstva opíc. V novej snímke je mu okolnosťami vnútená nová rola vojnového generála. Situácia opičieho klanu, ktorý vedie Caesar je katastrofálna. Ich skupina ustúpila do lesov, kde sa často stretávajú v bitkách s armádou tvorenou ľudmi, vedenou neľútostným plukovníkom McCulloughom. Straty opičieho spoločenstva sú obrovské a Caesar cíti bolesť z každej smrti. Stretáva sa s vlastnými temnejšími inštinktami a nastupuje na cestu pomsty, na ktorej sa stretne s plukovníkom v epickej bitke, ktorá určí, kto sa stane hlavným druhom, ktorý bude určovať ďalší osud tých druhých, porazených.
Primatológ Davis Okoye, ktorý si drží ľudí od tela, zdieľa nepochybnú väzbu s Georgeom, mimoriadne inteligentnou gorilou o ktorú sa stará od jej dvoch rokov. Ale vykonaním nebezpečného experimentu, ktorý sa vymkne spod kontroly, zmení miernu opicu na zúrivé monštrum obrovských rozmerov. A aby toho nebolo málo, čoskoro sa objavia aj iné druhy zvierat, ktoré boli podobne zmutované. Vzhľadom na to, že sa títo novovytvorení alfa predátori rútia naprieč krajinou a ničia všetko, čo im stojí v ceste, Okoye a jeho tím vytvárajú protilátku, ktorá má zastaviť globálnu katastrofu a zároveň zachrániť strach naháňajúce stvorenie, ktoré bolo kedysi jeho priateľom...
Zoznámte sa s čudesnými opičími obyvateľmi. Žijú na svojej vlastnej planéte a ich predstava o jej riadení je veľmi krutá. Sú lační po boji a chcú ovládať. Je tu napríklad Attar – veľká, brutálna gorila – militantný surovec. Potom je to generál Thade, ktorého hitlerovské spôsoby naháňajú strach, žije tu aj divoký Krull, ale našťastie i pôvabná a mierumilovná šimpanzica Ari a smiešny Limbo. A na túto zvláštnu planétu sa zrúti so svojou loďou človek. Kapitán Leo Davidson sa pri jednej z akcií dostane do elektromagnetickej búrky, presunie sa časom do budúcnosti a na planétu opíc. Stane sa okamžite ich väzňom. Spoznáva ďalších zajatých ľudí, s ktorými opice zachádzajú ako so svojimi otrokmi. Celá tyranizovaná skupina hľadá spôsob, ako ľudoopov oklamať a utiecť..
Na nebezpečnú výpravu do nepriechodnej džungle na úpätí konžskej sopky Mukenko sa vydáva pestrá skupinka, v ktorej má takmer každý svoj vlastný skrytý cieľ. Mladý vedec chce vypustiť do prírody goriliu samicu, energická elitná zamestnankyňa telekomunikačnej firmy hľadá pre svojho šéfa superčistý diamant a rumunský dobrodruh chce nájsť bohatstvo v starobylom meste Zinj, postavenom pri legendárnych diamantových baniach kráľa Šalamúna. Prekážkou na strastiplnej ceste k vytúženému cieľu je nielen nepriechodná džungľa, ale aj občianska vojna, ktorá v krajine vypukla. Na mieste potom výpravu čakajú problémy s vraždiacimi opicami aj ohrozenie nečakane prebudenou sopkou.