“ゾーン”と呼ばれる謎の立入禁止区域。その奥にある部屋ではどんな望みも叶えられるという。“ストーカー”と呼ばれるゾーンの水先案内人は作家と物理学者を連れて、その禁断の地へ足を踏み入れる。

マサチューセッツ州の某大学の脳外科医ヒルの研究室で助手を務めるハーバート・ウェストはある日、死体を蘇生させる血清の発明に成功する。 ハーバートは血清の信用性を確かめるため、同僚のダンと共に死体置場で実験を試みるが、ゾンビとなって暴れだす死体の噂を聞きつけてやって来た学長のホルジーを殺してしまう。ハーバートとダンが血清でホルジーを生き返らせたところ、彼は狂暴なゾンビと化す。 さらに、ハーバートの血清の技術を奪おうとして彼に殺され、実験台にされていたヒルもゾンビと化して暴れ出したため、事態は混乱していく。

ゴジラシリーズ第23作にして、従来のシリーズとの繋がりを断って再度リブートした、「ミレニアムシリーズ」第1作。漁船・第三北海丸を破壊したゴジラが北海道根室市に出現した。ゴジラ予知ネットワークを主宰する篠田雄二は、娘のイオ、雑誌記者である一ノ瀬由紀らと共にゴジラと間近で遭遇し、発電所を破壊するゴジラの姿に「ゴジラは人間の作り出すエネルギーを憎んでいるのではないか」と感じる。時を前後して、鹿島灘沖の日本海溝で強い磁力を帯びた岩塊が発見された。新しいエネルギー資源の可能性を見いだした危機管理情報局の宮坂四郎は、局長の片桐光男に引き上げを進言する。しかし岩塊は、引き上げ作業中に自力で浮上してしまった。

閑古鳥が鳴く、宇宙のアミューズメント・パーク。集客のため、バッグス・バニーら地球の人気アニメキャラたち、“ルーニー・テューンズ”を誘拐して見せ物にしようと計画する。バッグスたちがパークから派遣された怪物“ナードラックス”に、バスケの試合の勝敗で彼らに同行するかどうか決めると持ちかけると、それは承諾され、バッグスはバスケ界を引退したばかりの大物ジョーダンに助っ人役を頼む。そして運命の大試合を迎える。

新世界にエボルトの兄であるキルバスが襲来し、かつてエボルトに奪われたパンドラボックスを取り戻そうとする。その最中で、猿渡一海 / 仮面ライダーグリスたちはかつての記憶を取り戻すが、万丈龍我 / 仮面ライダークローズの前にクローズの記憶を持つ馬渕由衣が現れる

女子大生・中村由美（柴咲コウ）の友人でもある岡崎陽子や河合ケンジが、謎の死の予告電話によって次々と不可解な死亡を遂げていく。その死の予告電話の内容は、なぜか未来からの発信時刻で来ており、死ぬ瞬間の声や映像、画像が送られてきてその未来の時刻に差し掛かったとき、その通りに死んでしまうのである。 新たに死の予告電話を受けた小学校からの幼馴染みの友人・小西なつみ（吹石一恵）を救うため、由美は謎の男・山下弘（堤真一）の協力を得て事件の真相を追うが、彼女も今までと同様に予告通り、テレビの生放送中に悲惨な死を遂げてしまう。そしてその直後、遂に由美自身が「死の予告電話」を受けてしまう。

ある日、スペースシャトルが原因不明の事故で地球に墜落。その残骸の中には、謎の生命体が付着していた。やがて間もなく、感情を失ったように人間の行動を変質させる謎の伝染病が発生する。そんな中、精神分析医のキャロルはこの病原体が地球上のものではないことを突き止める。そして、最愛の息子オリバーがウィルスの拡大を阻止する鍵を握っていることも分かるのだったが...。