La companyia de Misteris SA haurà de lluitar contra el venjatiu Samurai Negre i els seus guerrers fantasmes per aconseguir l'antiga Espasa del Destí, una espasa llegendària que posseeix increïbles poders. A la seva aventura, l'Scooby i en Shaggy aprenen bushidō al costat del Mestre de l'Espasa, que els ensenyarà totes les tècniques dels samurais. A més, hauran de demostrar les seves noves habilitats contra un imparable exèrcit de robots ninges.

Un virus capaç d'esborrar totes les dades dels ordinadors només de passar-hi pel costat, i de controlar i manipular tota mena d'aparells elèctrics, ha enviat l'Scooby-Doo, en Shaggy i companyia a dins d'un videojoc on ells mateixos en són els personatges. Al ciberespai, a més d'enfrontar-se a un munt de rivals virtuals, també s'hi trobaran els seus enemics de sempre! La nostra civilització depèn tant de la tecnologia, que el Virus Fantasma és una amenaça per al món sencer! Per aturar-lo hauran de superar 10 nivells cada cop més esgarrifosos! I és que això de resoldre misteris al ciberespai és més terrorífic que mai!

Una comtessa vampir necessita beure la sang d'un home verge per tal de mantenir la seva bellesa eterna. Quan dóna per fet que és una feina impossible de complir, es troba amb en Mark Kendall.